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Laboratorio 2: Big data e network tra fisica e biologia
Responsabili: Daniel Remondini, Claudia Sala, Enrico Giampieri
Tutor: Alessandra Merlotti, Tommaso Matteuzzi
In piena era post-genomica, oggigiorno è possibile accedere a enormi banche dati pubbliche contenenti informazioni genetiche e genomiche, quali la sequenza del DNA di migliaia di organismi e milioni di misure relative all’attività cellulare di geni, proteine, composti chimici sotto molteplici perturbazioni (patologie, agenti chimici e fisici). Il fisico puó lavorare con questi dati sia in termini di analisi dati che sviluppando modelli e teorie per caratterizzare i sistemi biologici complessi, osservabili con queste misure. Un comune riferimento é la teoria dei network, che permette di descrivere sistemi complessi (biologici, sociali, finanziari, Internet e il WWW, …) caratterizzati da una forte interazione tra i suoi elementi costituenti.
In questo panorama, il Laboratorio si propone di:
- fornire una panoramica su vari tipi di dati biologici high-throughput, descrivendo alcune delle principali questioni a cui si cerca di rispondere con essi;
- mostrare alcuni esempi pratici, descrivendo il ruolo delle metodologie fisiche e statistiche (“Big Data Analytics”, “Teoria dei Network”, “Processi Stocastici”) nel caratterizzare le proprietà di questi sistemi;
- fornire una chiave interpretativa alle analisi, inserendo i risultati in un contesto a network, e proponendo analogie con altre “strutture complesse” presenti nella vita di tutti i giorni, come il web e le reti sociali.
Il corso di laboratorio favorirà lo sviluppo di competenze trasversali nei seguenti ambiti: lavoro di gruppo, progettazione, comunicazione scientifica.
Il Laboratorio è adatto per studenti di IV e V, con una conoscenza di base dei principi di informatica (cicli, operazioni logiche). Le applicazioni pratiche verranno sviluppate in linguaggio Python. Max. 40 studenti
Numero incontri: 5, di cui 3 di laboratorio.
Periodo: gennaio-febbraio 2019
Sede: Bologna, Dipartimento di fisica e Astronomia, sede di viale Berti Pichat 6/2.
Incontro |
Giorno |
Ora |
Aula |
Lezione frontale 1 |
Martedì 21.01.2020 |
14-17 |
Aula 2 (Aula informatica), Via Irnerio 46 |
Laboratorio 1 |
Martedì 28.01.2020 |
14-18 |
Aula 2 (Aula informatica), Via Irnerio 46 |
Lezione Frontale 2 |
Martedì 4.02.2020 |
14-17 |
Aula 2 (Aula informatica), Via Irnerio 46 |
Laboratorio 2 |
Martedì 11.02.2020 |
14-18 |
Aula 2 (Aula informatica), Via Irnerio 46 |
Laboratorio 3 |
Martedì 18.02.2020 |
14-18 |
Aula 2 (Aula informatica), Via Irnerio 46 |